Najstarszy znany dokument dotyczący wsi Góra pochodzi z 1252 roku. Jest to dekret zatwierdzający istniejące od dawna dziesięciny z wsi po obu stronach Wisły sygnowany przez biskupa poznańskiego Bogufała. O wcześniejszych dziejach dzisiejszej Góry Kalwarii wiemy niewiele. Na terenie miasta ludzie zamieszkiwali od ok. 25 wieków przed naszą erą. Powstanie osady targowej, która była powiązana z przeprawą przez Wisłę datuje się – na podstawie prac archeologicznych – na połowę XI wieku.

Dynamiczny rozwój okolicy nastąpił w II połowie XVII w. Górę, wtedy już wyludnioną i zarośniętą chaszczami, kupił w 1666 roku od dotychczasowych właścicieli  biskup poznański Stefan z Chrząstowa Wielkiego Wierzbowski. Hierarcha widząc potrzeby duszpasterskie postanowił wybudować sanktuarium poświęcone Męce Pańskiej.

W czasach kontrreformacji kalwarie były popularnym celem pielgrzymek w całej Europie. Założenia tego typu lokowane były zwykle na wzniesieniach w pobliżu istniejących już miejscowości. Wokół góry mającej przypominać Golgotę umieszczano tak zwane dróżki z kaplicami upamiętniającymi stacje Drogi Krzyżowej.

Bp Wierzbowski rozwinął tę koncepcję w sposób oryginalny. Mając do dyspozycji rozległy teren wkomponował stacje pasyjne w organizm miejski. Co więcej, samo miasto wybudował na planie krzyża łacińskiego, a odległości między kaplicami stacyjnymi miały być dokładnie takie jak w Jerozolimie. Planując założenie Wierzbowski opierał się na książce Adrychomiusza pt. „Jeruzalem za czasów…” modyfikując sporadycznie  mniej istotne szczegóły z uwagi na  uwarunkowania terenu. Dokładne odległości zawarte w dziele (autor zamieścił nawet linię wzorcową w celu precyzyjnych pomiarów) sprawiały, że powszechnie uznawano zgodność opisu z jerozolimskim oryginałem. Kierując się potrzebami duszpasterskimi Wierzbowski umieścił również obiekty niezwiązane z Wielkim Tygodniem (kaplica pokutującej Marii Magdaleny, Betlejem itp.)

W tak wyjątkowym mieście społeczność również musiała być niezwykła. Mieszkańcy pomni na fakt zamieszkiwania w pobliżu Grobu Pańskiego mieli wieść bogobojne życie. Nawet wesela powinny mieć skromną oprawę. Poza tym zadaniem wszystkich mieszczan  było zapewnienie pielgrzymom wszelkich wygód.

Osobną grupę mieszkańców stanowili zakonnicy. Do realizacji zadań duszpasterskich założyciel Nowej Jerozolimy sprowadził aż 5 zakonów męskich i jeden żeński. Zwykle kalwariami opiekowali się franciszkanie. W Górze Kalwarii oprócz bernardynów (odłam franciszkanów) pojawili się jeszcze dominikanie, pijarzy, marianie i oratorianie zastąpieni w późniejszym czasie przez księży komunistów.

Powstająca kalwaria otrzymała prawa miejskie 26 lutego 1670 r. Do śmierci biskupa Wierzbowskiego sanktuarium przeżywało rozkwit. Po roku 1687 choć funkcjonowało jeszcze przez sto lat stopniowo zaczęło podupadać. Brak funduszy na remonty kaplic i kościołów doprowadził do ich zniszczenia. Symbolem zmierzchu sanktuarium jest przeniesienie kościoła parafialnego z Kalwarii do Ratusza Piłata. Ostateczne zatracenie charakteru miasta nastąpiło w czasie krótkiego panowania pruskiego. Odtąd miasto stało się własnością państwową. Zmieniono herb, przywrócono pierwotną nazwę miejscowości (Góra), a także zwężono znacznie ulice Dominikańską i Pijarską. W 1802 roku zniesiono zakaz osiedlania się Żydów w mieście.

Pozwolenie na osiedlanie się Żydów w Górze zapoczątkowało nowy etap w rozwoju miasta.  Istniejąca już przed rokiem 1826 gmina zyskała znaczenie w drugiej połowie XIX w. wraz ze sprowadzeniem się cadyka. Ger (nazwa miasta w jidysz) stała się centrum chasydyzmu w Polsce. Do miasta znów zaczęły przybywać rzesze pątników, dla wygody których wybudowano kolej wąskotorową łączącą Ger z Warszawą. Obecność Żydów w mieście zakończyła się w trakcie okupacji niemieckiej. 25 i 26 lutego 1941 roku nastąpiła deportacja wszystkich osób pochodzenia żydowskiego do getta w Warszawie. Ci, którym udało się przeżyć w stolicy zostali zgładzeni w Treblince.

Wyzwolenie Góry Kalwarii z pod okupacji niemieckiej nastąpiło 16 stycznia 1945 r.